Menjadi lembaga penyelenggara pendidikan tinggi unggulan dalam pendidikan dan penelitian biokimia yang dapat memberikan kontribusi dalam pengembangan IPTEK di tingkat nasional dan internasional.

Mengembangkan ilmu dasar, konsep dan metode dalam bidang biokimia.

Pada tahun 1980-an Departemen Biokimia yang berada di bawah administrasi FKH dilebur dengan Bagian Kimia Departemen IPA Fakultas Pertanian menjadi Jurusan Kimia (SK Mendikbud No. 0546 tanggal 8 Desember 1983). Awalnya Program Studi S1 Biokimia berinduk ke Jurusan Kimia di bawah FMIPA berdasarkan SK Rektor IPB No. 180/K13.12.1/PP/2001. Selanjutnya sejak tahun 2005 (SK Rektor IPB No. 001/K13/PP/2005), pengelolaan Program Studi S1 dan S2 Biokimia dilakukan oleh Departemen Biokimia yang merupakan Departemen termuda di Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam IPB.